转录起始（transcription initiation）

抄写员动笔之前，得先找到正确的那一页，并把笔尖落在第一个字上。转录起始恰恰如此：RNA聚合酶找到一个基因的起点，在那里打开DNA，并落实头几个RNA字母。它是三个阶段中最具决定性的，因为大多数调控都发生在“开不开始”这一步——细胞主要正是靠控制转录是否启动来掌控一个基因。

在细菌中，起始是这样进行的。RNA聚合酶全酶（核心酶加一个西格玛因子）沿DNA扫描，直到西格玛因子识别出启动子，也就是基因的起始信号。酶在那里结合形成“闭合复合物”，随后熔开约十几个碱基对以暴露模板——即“开放复合物”，也叫转录泡。起始位点处的模板链一旦暴露，聚合酶便开始把头几个核苷酸连成RNA，通常以一个嘌呤开头。在真核生物中，同样的目标以更繁复的方式达成：一群通用转录因子在启动子上组装，把RNA聚合酶II招募进一个前起始复合物，然后合成才开始。

起始并不是一锤定音的干净事件。聚合酶常在最开始处“结巴”，制造又释放出一些短小无用的转录本——这叫流产式起始——之后才得以清离启动子、切换到高效的延伸。正因为这里决定了太多，起始成为基因调控的主要杠杆：激活蛋白与阻遏蛋白、西格玛因子和转录因子，大都靠加速或阻断这一步起作用。