转录泡与RNA-DNA杂合链（transcription bubble and RNA-DNA hybrid）

DNA是一条缠得很紧的双螺旋；当字母被拉链拉上、又朝里相对时，你根本读不出它们。于是RNA聚合酶抄录一个基因时，会随身带着一小块可移动的“解链区”——一小段把两条DNA链拉开、好让其中一条被读取的地方。这块随行的开放区域就是转录泡。

泡内——约十几个未配对碱基对宽——模板链被暴露出来，由聚合酶读取。每添加一个新的RNA核苷酸，RNA最新生成的那一端会短暂地与模板配对，形成一小段RNA-DNA杂合链（约8到9个碱基对）。这段杂合链是临时的异源双链，新生RNA在此抓住它所抄录的DNA，就像沿着轨道铺设的一截尚未成形的第二条钢轨。泡随酶一同移动：前方DNA解旋，RNA-DNA杂合链居中，酶的后方DNA重新退火回到它正常的双螺旋，而此刻已造好的RNA则被剥离、穿引而出。酶能始终不脱落、跨越数千碱基持续前行的本领，叫做持续合成能力。

正是这个小小的移动气泡，才让转录得以成立——它给聚合酶开了一扇窥见编码的窗，同时把扰动降到最小、且可逆。它也带来后果：前方DNA解旋、后方重新缠绕，会产生超螺旋应力，细胞必须靠拓扑异构酶来释放；而那段瞬时的RNA-DNA杂合链，若在酶后方拉得太长，会形成麻烦的结构（R环），与基因组不稳定相关联。泡虽小，但把它处理得干净利落，正是让转录成为一个受控过程、而非把基因组撕扯开来的一部分原因。