流产式起始与启动子清离（abortive initiation and promoter clearance）

凡是推过抛锚汽车的人都知道，最难的是头一米——一旦滚动起来，就轻松了。RNA聚合酶也有同样的难处。在还锚定于启动子时把头几个核苷酸连接起来，既别扭又易错，酶往往要“结巴”好几次，才终于挣脱、顺畅地滚入延伸。流产式起始与启动子清离，描述的正是这笨拙却关键的开端。

聚合酶最初打开DNA、开始连接核苷酸时，仍紧紧抓着启动子。随着短小的新生RNA增长，酶不得不在不松开上游的情况下把下游DNA卷进来——一种紧绷、蜷缩的状态。它常常失败：把那条小RNA（往往只有2到10个核苷酸长）释放掉、从头再来，一次又一次。这种反复制造又释放无用短转录本的过程，就是流产式起始。只有当RNA达到某个临界长度，酶才断开与启动子及起始因子（细菌中的西格玛因子，或真核中的通用因子）的接触、认下这条转录本，转入一个稳定的延伸复合物。这一挣脱，就是启动子清离（也叫启动子逃逸）。

这一阶段之所以重要，是因为它是一个真实的、可调控的瓶颈——而非一道形式。清离启动子的难易，帮助决定一个基因发动得多高产：有些调控因子正是靠帮助或妨碍逃逸、而非靠妨碍最初的结合来起作用。在真核生物中，一个密切相关的检查点——启动子近端暂停——会在Pol II刚起步后把它扣住，只在收到信号时才放行，从而给细胞提供了一条把基因彻底开启的快速途径。所以，那别扭的头几个核苷酸并非可以无视的浪费——它们是转录的控制杠杆之一。