细菌启动子与西格玛因子（bacterial promoter and sigma factor）

细菌讲究精简，而它们标记转录起点的方式堪称节俭的典范。两小块可辨认的DNA，外加一个可拆卸的亚基让聚合酶得以读取它们——这就是整套起始系统。一旦看懂它的运作，细菌启动子便是“蛋白如何读取特定DNA地址”的最清晰范例。

典型的细菌启动子在转录起点上游有两个保守的序列框。-10框（即Pribnow框，常接近TATAAT）位于起点前约十个碱基处；-35框（常接近TTGACA）位于起点前约三十五个碱基处。细菌的核心RNA聚合酶自己认不出这些——它需要一个西格玛因子，这是一个加到核心上构成全酶、充当读取头的蛋白亚基。西格玛因子的职责是识别-10框与-35框、把酶摆正、帮助在-10区域熔开DNA，待转录一旦开始便脱离，好让核心独自延伸。由于框的间距和确切序列各有不同，有些启动子结合得紧（强），有些结合得松（弱）。

巧妙之处在于，细菌携带着好几种不同的西格玛因子，各自调谐到不同家族的启动子。日常的管家西格玛驱动正常基因，但在热激、饥饿或其他胁迫下，细胞换上一个替代的西格玛因子，把同一个核心聚合酶重新导向一整套全新的基因。因此，更换西格玛因子是一种快速而大范围地重编“转录哪些基因”的办法——单一蛋白的更换就同时拨动了一大组开关。