基于结构的药物设计

基于结构的药物设计，是在观看靶点结合位点详尽的三维图像的同时来设计分子，就像锁匠在查看锁芯内部之后再去配钥匙。你不必再靠猜测，而能看清口袋的形状、电荷分布，以及新基团可能契合或冲突的位置。

这张三维结构通常来自 X 射线晶体学、冷冻电镜或核磁共振，且往往带有一个已结合的配体，让化学家能看清它究竟如何就位。依据这张图，他们推断分子的哪些部分应保留、哪些应朝未填满的口袋延伸、又该在何处放置一个能形成新氢键或填入疏水热点的基团。计算对接和模拟则把这种推理延伸到尚未合成的分子上。

这种方法虽强大，却非魔法。晶体结构是柔性、运动着的蛋白的一张静态快照，口袋中的水分子难以预测，蛋白还会在结合时重塑自身。因此结构能指导设计、解释结果，但化合物仍必须被合成和测试；模型只负责提议，试验才负责定夺。