结合口袋

结合口袋是靶点蛋白表面上的一处空腔，配体或药物在此安顿下来，很像手伸进手套。口袋的内壁呈现出特定排布的化学基团，当分子自身的形状与基团与之相匹配时，便能良好结合。找到并填充正确的口袋，是小分子药物设计的核心动作。

在结合口袋内部，一个好的配体会同时形成许多接触：氢键、与非极性壁面的疏水接触，以及对位置不佳的水分子的排开。这些相互作用之和决定了分子结合的紧密程度。口袋越深、越封闭，能形成的接触就越多，潜在的把持力也越强。

并非每个口袋都是活性位点；结合口袋可能位于变构部位、蛋白界面，或只在蛋白弯折时才出现的瞬时裂隙。需诚实指出的是，蛋白是会运动的，因此在某个静态结构中看到的口袋可能开启、闭合或改变形状，这既使设计复杂化，也偶尔创造出新的机会。