分子对接

分子对接就像在切割金属之前先在电脑里把钥匙插进锁里试一试。给定目标蛋白口袋的三维形状和一个候选分子，软件会在口袋内尝试该分子的多种朝向和构象，预测它会如何安放其中以及结合得有多牢。

从机制上看，对接程序做两件事。首先，搜索算法会采样许多可能的结合姿态，即配体在结合位点内的位置、朝向和内部旋转。其次，打分函数为每个姿态给出一个数值，用以近似该结合的有利程度，从而使程序能够对姿态排序，并在不同分子之间相互排序。

对接足够快速且廉价，可用于筛选庞大的虚拟化合物库，因此它是虚拟筛选和基于结构的药物设计的基础。但它只是一种近似：蛋白质的柔性、水分子以及结合的熵都被粗略处理，因此预测的姿态可能正确而预测的亲和力却不可靠，反之亦然。应把对接视为有待实验验证的假设生成工具，而非一种测量。