黏性末端与平末端（sticky and blunt ends）

剪一条拉链时，你可以在同一处把两排齿一齐剪断，也可以把一排剪得比另一排靠前一点。第一种留下齐平的边；第二种在一侧留下一小段齿，可以去钩住另一条拉链上匹配的一段。限制酶也以这两种方式切割DNA，分别得到平末端和黏性末端。

DNA有两条链。如果酶在完全相同的位置切断两条链，结果就是平末端：一个没有突出的平整双链边缘。如果酶把两条链错开几个碱基切割（交错切割），每个片段就以一小段单链突出收尾——这就是黏性末端（也叫黏端）。由于酶在各处都做同样的交错切割，它产生的每个黏性末端都有相同的突出序列。这些突出端是互补的，因此会通过碱基配对自发地配上：一个片段的 5'-AATT 突出端会找到并与同一种酶切出的任何其他片段上的 AATT 突出端杂交。这短暂的碱基配对把片段拉在一起，足以让一种酶来把它们封住。

黏性末端对克隆是一份厚礼，因为它让连接既高效又有方向性：用同一种酶切割的两个DNA会在它们互补的突出端处咬合。平末端更通用——任何平末端都能与任何其他平末端连接，与序列无关——但连接效率较低，也无法控制方向。一个常用技巧是用两种不同的酶切割质粒，使其两端是不同的黏性末端，从而迫使插入片段只能以一种朝向落入（定向克隆）。