回文识别位点（palindromic recognition site）

像“level”或“radar”这样的词，正读和反读一样——这就是回文。DNA也能以一种特殊的双链方式构成回文，而限制酶恰恰喜欢落在这些位点上。酶所识别并结合的那一小段DNA，称为它的识别位点。

由于DNA有两条反向平行的链，且A与T配对、G与C配对，DNA回文的意思是：把一条链按 5'到3' 读，与把它的配对链也按 5'到3' 读，得到的序列相同。以EcoRI的位点为例：上链读作 5'-GAATTC-3'，下链按其自身 5'到3' 方向读也是 5'-GAATTC-3'。这种二重对称很重要，因为多数限制酶以一对相同的蛋白半体（二聚体）工作；每个半体抓住一条链，对称的位点与对称的酶完美契合。识别位点通常长4到8个碱基对——短到每隔几百到几千个碱基就会偶然出现一次，正好把基因组切成大小合适的片段。

确切知道某种酶的识别位点落在何处，就能预测和掌控DNA将如何被切割——这是构建质粒、绘制基因图谱、把一段DNA插入另一段的基础。“限制酶图谱”不过是一张标明各酶识别位点沿DNA分子分布位置的示意图。设计克隆实验时，你会挑选那些识别位点恰好出现在你想切的地方、而且关键是不在你想保持完整的基因内部的酶。