印记控制区

印记基因往往成簇出现，而且并非每个基因各自被单独标记，而是由附近一个总开关来控制整个邻里区域。印记控制区就是这个总开关：一段DNA，决定该簇中表达的是哪一方亲本的拷贝。

这样的区域带有亲本特异的表观遗传标记，通常是在卵子或精子中建立的DNA甲基化。由于该区域在某一亲本的拷贝上被甲基化、在另一亲本的拷贝上则不被甲基化，便造就了一种差异，被细胞读取出来，从而把该簇中的基因在某一亲本的等位基因上打开、在另一亲本上关闭。

这些区域能远距离发挥作用，常常通过控制绝缘子蛋白是否结合、或非编码RNA是否被产生，进而支配附近的启动子。删除印记控制区或使其标记错误，可能同时扰乱数个基因的表达。

由于它们协调整个印记基因簇，这些控制区的缺陷是若干印记疾病的根源，对理解亲本来源如何塑造基因表达也至关重要。