轉錄的方向性（directionality of transcription）

讀和寫都有方向——讀英文是從左到右，而不是從右到左。核酸鏈也有方向，而轉錄嚴格遵守它。理解這個方向，就能明白為什麼RNA往一個方向合成、而聚合酶卻沿相反方向掃描模板，就像一位打字員從頁面底部往上讀、卻從頂部往下打字。

每條核酸鏈都有兩個化學上不同的末端，稱為5'端和3'端（按糖上碳原子的位置命名）。RNA聚合酶只能把新核苷酸添加到正在增長的RNA的游離3'端——所以RNA總是沿5'到3'的方向合成。由於模板鏈是反向平行的（走向相反），聚合酶必須沿3'到5'的方向讀取模板。想像兩條方向相反的車道：聚合酶沿模板從其3'端走向5'端，一邊走一邊鋪設RNA，RNA從5'向3'增長，最新的核苷酸總在最前緣。還有一個要緊的事實：RNA聚合酶能自行起始一條全新的鏈——它不需要引子，這一點與只能延伸已有3'端的DNA聚合酶不同。

這個固定的方向並非僅僅是記帳上的細節。它界定了一個基因從哪裡「開始」（其5'端，即啟動子那一側）、又到哪裡「結束」，它決定了對某個基因而言哪條鏈能充當模板，也支撐著把序列寫成5'到3'的慣例。讓3'端成為新核苷酸唯一能附著之處的同一套化學，同樣支配著複製和翻譯，使分子資訊的整個流動呈現出一致的紋理。