模板鏈與編碼鏈（template versus coding strand）

DNA有兩條纏繞在一起的鏈，但當一個基因被轉錄時，RNA聚合酶只讀其中一條。那麼讀的是哪一條？又為什麼最終的RNA看起來像那條從未被讀過的鏈？本詞條釐清這兩條鏈各自扮演的兩種角色。

在兩條DNA鏈中，聚合酶真正讀取的那條叫模板鏈（也叫反義鏈）。聚合酶造出與之互補的RNA，按A配U、G配C配對。但有意思的轉折在於：因為鹼基配對是對稱的，造出來的RNA在序列上與另一條鏈——編碼鏈（或稱有義鏈）——完全一致，唯一的區別是RNA凡是DNA為T的地方都換成U。所以若編碼鏈讀作 5'-ATGCCT-3'，RNA就讀作 5'-AUGCCU-3'，而被讀取的模板鏈則是它的互補鏈 3'-TACGGA-5'。我們把基因序列寫成編碼鏈的形式，正是因為它「讀起來像」RNA。哪條鏈充當模板，並非整條染色體一成不變——而是一個基因一個基因地決定，因為相鄰的基因可能朝相反方向轉錄，各自使用方向合適的那條鏈。

把這些名稱弄清楚，能化解一個經典的混淆來源。模板鏈是攜帶著被讀取資訊的那條，可我們談密碼子和遺傳密碼時引用的卻是編碼鏈的序列。日後你在資料庫裡看到某基因的「序列」、發現起始密碼子ATG赫然在列時，你看到的正是編碼鏈——聚合酶從未碰過它，它讀的是它的鏡像。