兩條鏈的反向平行排列（antiparallel strands）

想像一條馬路上並排的兩條車道，但車流方向相反——一條朝北，一條朝南。DNA 雙螺旋的兩條鏈正是這樣排列的。它們彼此並排躺著，卻指向相反的方向；生物學家把這叫作反向平行。

由於每條鏈都有方向（一個 5' 端和一個 3' 端），「反向平行」意味著：一條鏈的 5' 端所在之處，正是另一條鏈的 3' 端所在，反之亦然。所以如果上面那條鏈從左到右是 5'-到-3'，它的夥伴從右到左才是 5'-到-3'。具體說，一條鏈可能是 5'-ATGC-3'，而頭尾相反躺在它下面的夥伴是 3'-TACG-5'，隔著縫隙 A 對著 T、G 對著 C。它們根本無法以相同方向配上對——鹼基和糖的幾何形狀，只有當兩條鏈頭尾相反時才合得上。

這種相反的取向不是怪癖；它帶來實實在在的後果。由於兩條鏈方向相反，而聚合酶只能 5'-到-3' 地搭建，複製時兩條鏈就無法用同樣簡單的方式被複製——一條連續合成，另一條則是一段段倒著合成。反向平行正是那種不對稱背後的結構事實，也是細胞如何閱讀和複製自身基因組的諸多機制背後的原因。