基於結構的藥物設計

基於結構的藥物設計，是在觀看標靶結合位點詳盡的三維圖像的同時來設計分子，就像鎖匠在查看鎖芯內部之後再去配鑰匙。你不必再靠猜測，而能看清口袋的形狀、電荷分佈，以及新基團可能契合或衝突的位置。

這張三維結構通常來自 X 射線晶體學、冷凍電鏡或核磁共振，且往往帶有一個已結合的配體，讓化學家能看清它究竟如何就位。依據這張圖，他們推斷分子的哪些部分應保留、哪些應朝未填滿的口袋延伸、又該在何處放置一個能形成新氫鍵或填入疏水熱點的基團。計算對接和模擬則把這種推理延伸到尚未合成的分子上。

這種方法雖強大，卻非魔法。晶體結構是柔性、運動著的蛋白的一張靜態快照，口袋中的水分子難以預測，蛋白還會在結合時重塑自身。因此結構能指導設計、解釋結果，但化合物仍必須被合成和測試；模型只負責提議，試驗才負責定奪。