結合口袋

結合口袋是標靶蛋白表面上的一處空腔，配體或藥物在此安頓下來，很像手伸進手套。口袋的內壁呈現出特定排布的化學基團，當分子自身的形狀與基團與之相匹配時，便能良好結合。找到並填充正確的口袋，是小分子藥物設計的核心動作。

在結合口袋內部，一個好的配體會同時形成許多接觸：氫鍵、與非極性壁面的疏水接觸，以及對位置不佳的水分子的排開。這些交互作用之和決定了分子結合的緊密程度。口袋越深、越封閉，能形成的接觸就越多，潛在的把持力也越強。

並非每個口袋都是活性位點；結合口袋可能位於變構部位、蛋白界面，或只在蛋白彎折時才出現的瞬時裂隙。需誠實指出的是，蛋白是會運動的，因此在某個靜態結構中看到的口袋可能開啟、閉合或改變形狀，這既使設計複雜化，也偶爾創造出新的機會。