分子對接

分子對接就像在切割金屬之前先在電腦裡把鑰匙插進鎖裡試一試。給定目標蛋白口袋的三維形狀和一個候選分子，軟體會在口袋內嘗試該分子的多種朝向和構象，預測它會如何安放其中以及結合得有多牢。

從機制上看，對接程式做兩件事。首先，搜尋演算法會取樣許多可能的結合姿態，即配體在結合位點內的位置、朝向和內部旋轉。其次，評分函數為每個姿態給出一個數值，用以近似該結合的有利程度，從而使程式能夠對姿態排序，並在不同分子之間相互排序。

對接足夠快速且廉價，可用於篩選龐大的虛擬化合物庫，因此它是虛擬篩選和基於結構的藥物設計的基礎。但它只是一種近似：蛋白質的柔性、水分子以及結合的熵都被粗略處理，因此預測的姿態可能正確而預測的親和力卻不可靠，反之亦然。應把對接視為有待實驗驗證的假設生成工具，而非一種測量。