誘導契合

結合口袋不是一個剛性沖壓出來的孔；它更像一隻柔軟的手套，當你把手伸進去時會重新塑形。誘導契合描述的是蛋白標靶在配體結合時如何調整其構象——側鏈讓到一旁、環區合攏、螺旋移位——使得最終的貼合比空口袋本身所能允許的更緊密。鎖改變了形狀去握住鑰匙。

從機制上看，誘導契合通常意味著配體先以某種形狀與蛋白接觸，由此產生的交互作用支付並穩定了標靶的構象變化。一個著名的例子是激酶的活化環和「DFG」基序，它們能在不同構象間翻轉，讓抑制劑觸及在單一靜態結構中看不見的口袋。

誘導契合之所以重要，是因為它既帶來機會又增加了預測的難度。新出現的隱蔽口袋或「誘導」口袋可能提供新的選擇性，但柔性標靶難以建模：針對單一剛性快照對接，可能漏掉那些只有在蛋白運動之後才貼合的結合物。它還有能量代價——蛋白必須放棄有利接觸或自身產生張力來重排，而配體結合必須超過這一代價。