形狀互補

形狀互補就是把鎖鑰模型用於貼合：一個好配體填滿其結合口袋，就像鑰匙填滿鎖孔、手填滿手套，凸起對應凹陷，幾乎不留空隙。匹配得越緊密，接觸的原子越多，弱接觸疊加得越多，因此把形狀做對是基於結構的設計最先要達成的目標之一。

把口袋填好同時做了兩件事。它最大化了原子緊密堆積帶來的眾多近程凡得瓦接觸與疏水埋藏，並把束縛不牢的水擠了出去。反過來，留下空腔，或更糟地，迫使兩個原子重疊（立體衝突），都會消耗能量，削弱甚至破壞結合。

需要老實補充的是，良好的形狀互補是必要條件而非充分條件。如果配體必須扭成一個緊張的高能構象才能貼合，或者它埋藏了極性基團卻未滿足其氫鍵，那麼它即便貼得很緊也可能結合很弱。而且由於蛋白具有柔性，口袋的「形狀」並非一成不變——它可以透過誘導契合來塑造自己以適應配體。