分子動力學

分子動力學（簡稱 MD）就像把蛋白質及其周圍水中每一個原子拍成一部微型定格動畫，一格一格地播放。從一個結構出發，電腦計算每個原子所受的力，把它們沿時間向前推進極小的一步，再重複上百萬次，從而觀察體系如何擺動、起伏和重排。

MD 的引擎是力場，即一套基於物理的方程和參數，用鍵、鍵角、電荷和凡德瓦接觸來近似原子間的作用力。每一步把時間推進約一到兩飛秒，因此即便模擬到一微秒的運動也需要上億步。MD 能揭示靜態晶體結構無法呈現的東西：口袋如何開合、有序水分子位於何處，以及配體是穩定結合還是逐漸飄離。

需要誠實指出的侷限在於時間尺度與準確性。許多在生物學上有意義的運動發生在毫秒尺度，至今模擬代價高昂，而結果又依賴於所選力場和起始結構。因此 MD 在闡釋機制和提出假設方面很有威力，並為自由能計算提供所需的構象取樣，但其數值應結合其假設來解讀。