同源模型

同源模型是對某蛋白三維形狀的有根據的推測，方法是借用其某個親緣蛋白的已知結構。如果你知道某個表親蛋白的形狀，而你的靶點又與它在序列上有很多相同之處，就可以把靶點的胺基酸套到那個模板上，很像照著合適身形者的紙樣來裁製一套新西裝。

該方法基於一個生物學事實：序列相似的蛋白通常折疊成相似的形狀。步驟是：找到合適的實驗模板，把靶點序列與之比對，在對應處複製模板的主鏈，再對差異的環和側鏈進行建模並最佳化結果。靶點與模板之間的序列一致性越高，模型就越可信。

同源模型讓藥物化學家能夠對從未結晶過的靶點開展基於結構的設計和對接，這對許多受體而言極為寶貴。需要誠實指出的是：當序列一致性較低時，準確度會急劇下降，而結合口袋和柔性環，恰恰是化學家最關心的部分，往往也是最不可靠的部分。現代深度學習結構預測器提高了品質門檻，但任何預測出的結構在押注整個專案之前都應加以驗證。