基於配體的藥物設計

基於配體的藥物設計，是當你看不見鎖時所採用的辦法：轉而研究那些已經管用的鑰匙。在沒有標靶三維結構的情況下，化學家透過比較眾多能與之結合的分子來推斷結合位點必然的樣貌，追問它們共有哪些特徵、又缺少什麼。

從一組已知的活性與非活性分子出發，你能勾勒出活性所需條件的圖景：哪些形狀、電荷和氫鍵基團至關重要，以及在何處可容忍或禁止存在大體積。常用工具包括捕捉關鍵交互作用特徵的藥效團模型、相似性比較，以及把分子描述符與活性相關聯的定量構效模型。標靶結構雖不可見，但它的「負空間」可由配體反推重建。

對於抗拒晶體學的標靶（如許多膜蛋白），這種方法不可或缺，而當有良好的配體數據時它也可能非常有效。其弱點在於：它無法揭示現有分子從未探索過的任何東西；它在已知化學空間內插值良好，卻難以向真正全新的領域外推。