藥效團模型

藥效團模型是一張關於分子要具備活性所需條件的三維草圖，但剝離了任何具體的化學結構。可以把它看作一張通緝令，實質上是說：有活性的分子必須在這裡帶正電荷、在那裡有一個能堆疊的環、並在此處某一距離上有一個氫鍵給體，卻不指明具體由哪些原子來提供。

每一項要求都是一個藥效團特徵，例如氫鍵給體或受體、正電荷或負電荷、芳香環或疏水基團，放置在空間中某一特定點並帶有容差。這些特徵的集合及其彼此之間的幾何距離，便定義了模型。它可以由單一已知的蛋白-配體複合物構建，也可以透過疊合多個活性分子、尋找它們的共同點來構建。

一旦定義好，該模型便成為檢索資料庫的查詢條件：任何分子，只要其柔性構象能把正確的特徵放到正確的位置上，就是候選者，即便其骨架完全不同。這使得藥效團檢索成為骨架躍遷的快捷途徑。其侷限在於：草率或過於寬鬆的模型會檢出大量假陽性，而過於嚴苛的模型則會漏掉真正的命中物，因此構建並驗證模型才是難點所在。