起始密碼子（start codon）

信使RNA是一長條字母組成的帶子，但蛋白質從某個確切的位置開始，而不是從中間隨便某處。細胞如何知道第一個詞從哪裡起頭？它會尋找一個特殊訊號——起始密碼子——它標記著「從這裡開始讀取蛋白質」。

起始密碼子幾乎總是AUG，即腺嘌呤-尿嘧啶-鳥嘌呤這三個鹼基。AUG同時在兩方面與眾不同。其一，它確定閱讀框：一旦決定從這個A開始一個密碼子，後續每一個三聯體的落點也就隨之自動固定。其二，AUG還編碼胺基酸甲硫胺酸，因此每條新造出的蛋白質鏈開頭都帶著一個甲硫胺酸（細菌中是略加修飾的版本，甲醯甲硫胺酸）。不過核糖體並不會隨手抓住它看到的第一個AUG——它需要幫助才能找到正確的那個，在細菌中由鄰近的Shine-Dalgarno序列引導，在真核生物中則從加帽的5'端一路掃描，直到遇上合適的AUG。

由於起始密碼子既說「出發」，又安插第一個胺基酸，它把抽象的密碼與實體的機器繫在了一起。開頭那個甲硫胺酸日後常被剪掉，所以不要指望每個成熟蛋白質都真的以Met開頭。又因為選定從哪個AUG起始就固定了整段下游訊息的閱讀框，一個破壞起始密碼子、或在上游製造出一個誘人新AUG的突變，都可能讓基因沉默或造出毫無用處的蛋白質。