Shine-Dalgarno序列（SD序列）

細菌的核糖體沒法只是從mRNA的端頭一路掃描去找起始密碼子——細菌mRNA往往沒有一個方便起步的端頭，而且一條mRNA上可以坐著好幾個基因。那麼核糖體怎樣找到每個基因的AUG？它會尋找上游幾個鹼基處一處短小的地標，即Shine-Dalgarno序列，它就像一塊寫著「起始密碼子就在前方」的路牌。

Shine-Dalgarno序列是一小段富含嘌呤的片段，經典形式類似AGGAGG，位於起始密碼子前大約五到十個鹼基處。它的訣竅是直接的鹼基配對：核糖體小亞基RNA（16S核糖體RNA）的末端帶有一段互補序列，二者拉合在一起。這一配對把小亞基停在恰好正確的距離上，使起始AUG落入P位，一步便鎖定了閱讀框。它見於細菌和古菌，也部分解釋了為何細菌的翻譯能從一條長mRNA的中間開始，而不限於其端頭。

這是細菌與真核翻譯之間最清晰的差異之一，且後果實實在在。由於一條細菌mRNA上可以排著好幾個「Shine-Dalgarno加AUG」單元，一條細菌mRNA就能編碼好幾個蛋白質（多順反子訊息）——這通常是真核生物的掃描機制做不到的。對基因工程師而言，提供一段強的Shine-Dalgarno序列，是讓細菌大量產出目標蛋白質的標準手法。真核生物沒有Shine-Dalgarno序列；它們靠完全不同的「加帽並掃描」路徑來找到起始密碼子。