印記控制區

印記基因往往成簇出現，而且並非每個基因各自被單獨標記，而是由附近一個總開關來控制整個鄰里區域。印記控制區就是這個總開關：一段DNA，決定該簇中表達的是哪一方親本的拷貝。

這樣的區域帶有親本特異的表觀遺傳標記，通常是在卵子或精子中建立的DNA甲基化。由於該區域在某一親本的拷貝上被甲基化、在另一親本的拷貝上則不被甲基化，便造就了一種差異，被細胞讀取出來，從而把該簇中的基因在某一親本的等位基因上打開、在另一親本上關閉。

這些區域能遠距離發揮作用，常常通過控制絕緣子蛋白是否結合、或非編碼RNA是否被產生，進而支配附近的啟動子。刪除印記控制區或使其標記錯誤，可能同時擾亂數個基因的表達。

由於它們協調整個印記基因簇，這些控制區的缺陷是若干印記疾病的根源，對理解親本來源如何塑造基因表達也至關重要。