苗頭辨識與篩選
片段苗頭
片段苗頭是攀登起點處的那個落腳點:一個只與標靶微弱結合、卻恰好結合在正確位置、並以易於理解的方式結合的非常小的分子,給化學家一個可靠的起點去開始構建。它還不像藥——它是一個經過驗證的錨點,而非現成的藥物。
片段苗頭出自基於片段的篩選,其中用靈敏的生物物理方法對小分子(通常小於約300道爾頓)進行篩選。它們的親和力很弱——微莫耳到毫莫耳——但正因為如此之小,它們所達成的結合按每個原子計算是高度高效的,可由高配體效率來體現。關鍵在於,片段苗頭通常伴隨一個結構(來自X射線或核磁共振),精確顯示它在結合口袋中如何、何處就位。
正是這種結構知識使片段苗頭有價值:知道確切的結合姿態,化學家便能把片段生長到未被占據的空間裡,連接兩個結合於相鄰亞位點的片段,或與另一骨架融合,理性地提升效力,同時讓分子保持小巧、性質友好。微弱的起始親和力,是從乾淨、高效的基礎起步所刻意付出的代價。
一張X射線結構顯示一個200道爾頓、以500 µM結合的片段,由活性位點中的兩個氫鍵錨定;其高配體效率使它成為選定的生長起點。
一個弱但高效、結構明確的片段,是理想的構建基礎。
評判片段苗頭要看配體效率,而非原始效力。一個毫莫耳級、按每個原子計算能形成幾個完美接觸的片段,遠勝於一個微莫耳級、就其龐大體積而言結合很弱的分子。
又稱
另見