DNA微陣列（DNA microarray）

假設你想一次問上千個問題：基因1在不在、活不活躍？基因2呢？基因3呢？……一直問到兩萬個。DNA微陣列就是一種在一張玻璃片上同時問出所有這些問題的辦法：把成千上萬個已知的DNA探針整齊排成方格，看樣品會黏到哪些上面。

這塊晶片是一格格小點構成的方陣；每個點上密集排布著某一已知單鏈DNA探針的許多拷貝，而每個點代表哪個基因，由它的位置固定下來。你把樣品——比如一個細胞裡的全部RNA，轉成帶螢光標記的cDNA——淌過晶片。凡是樣品分子遇到序列匹配的點，就會鹼基配對並黏上去（這就是雜交）。洗去未結合的物質後，掃描晶片：每個點的亮度報告樣品裡有多少匹配序列。讀完整個方陣，你就一次性得到了跨越上千個基因的讀數。

微陣列是第一種能一次測量整個基因組那麼多基因活性的技術，曾掀起一波表達譜分析、基因分型，以及健康與病變組織比較的浪潮。它的關鍵局限——也是RNA-seq基本將其取代的原因——在於陣列只能檢測它的探針所設計針對的東西：你無法發現意料之外的東西，而且亮度與含量之間的關係並不完全定量。它們像是一份只有固定題目的「封閉式問卷」，而定序則是一場開放式的訪談。