擴增、定序與核酸分析
RNA定序（RNA-seq）
/ R-N-A seek /
你身體裡（幾乎）每個細胞的基因組都相同，可一個神經元和一個肝細胞的樣子與行為卻截然不同。區別在於每個細胞正在主動使用哪些基因——哪些基因正被轉錄成RNA、轉錄了多少。RNA-seq正是捕捉這一點的方法：它對樣品中的RNA進行定序，逐個基因地讀出細胞此刻究竟在做什麼。
由於定序儀讀的是DNA，RNA-seq先用反轉錄酶把細胞的RNA轉成DNA拷貝（cDNA），再用次世代定序去測它們。結果是來自所存在RNA分子的數百萬條讀長。軟體把每條讀長映射回它來自的基因，並數有多少條讀長落在每個基因上；某個基因的讀長越多，說明它的RNA越多，這便作為該基因表達強弱的度量。除了計數，RNA-seq還能揭示用了哪些外顯子（捕捉可變剪接）、發現無人知曉的RNA、檢出融合轉錄本——遠超那些只測一份預先選定基因清單的舊方法。
RNA-seq是給細胞的轉錄組——它所製造的全部RNA——拍快照、並比較不同狀態的標準做法：健康組織與病變組織、處理過與未處理的細胞、一種細胞類型與另一種。誠實的提醒很重要：RNA-seq測的是RNA的豐度，它是蛋白質水平的替代指標、而非直接測量（RNA量與蛋白量並不總是同步），而把讀長計數變成可靠的表達差異，極大地依賴於仔細的歸一化、重複樣本和統計。
用RNA-seq比較腫瘤與正常組織，某個基因在腫瘤中的讀長是正常組織的十倍——有力地表明它在那裡過度表達。同一份數據還揭示腫瘤使用了另一個基因的不同剪接形式，這是簡單的基因計數檢測會漏掉的。
每個基因的讀長計數估計它的表達強弱。
RNA-seq測的是RNA，而RNA只是蛋白質的替代指標——RNA與蛋白質的水平並不總是同步，所以「這個基因高表達」（mRNA很多）不等於「這種蛋白質很多」。
又稱
另見