構象生成

構象生成是計算一個柔性分子能折疊成的各種三維形狀，因為帶有可旋轉鍵的分子並非剛性，而是像一段鐵絲那樣會彎曲扭轉。同一個化學結構可以呈現許多迥異的形狀，而軟體會列舉出其中一組有代表性的形狀。

每一種形狀，即構象，都來自旋轉化學鍵並把幾何調整到物理上合理的排布，通常是靠近某個局部能量極小值的排布。演算法會對可旋轉鍵所張成的空間進行取樣，生成候選的三維結構，最佳化其幾何，並剔除重複者，力求涵蓋該分子實際會經歷的那些低能形狀。輸出是一組構象，常按估計的能量排序。

這一步悄然卻至關重要，因為眾多下游方法都需要分子的合理形狀：對接、藥效團檢索、三維相似性以及基於形狀的篩選，全都從構象出發。關鍵的告誡在於生物活性構象，即分子真正與靶點結合時所採取的形狀，它往往並非游離態下能量最低的構象。因此一組好的構象集必須取樣得足夠廣泛，即便要付出一些內能代價，也要把這種能夠結合的形狀包括在內。