遺傳密碼的簡併性（degeneracy）
/ dee-JEN-er-uh-see /
六十四個密碼子，卻只需拼出二十種胺基酸，外加幾個終止子——這道算術留下了一大筆盈餘。於是大自然做了任何明智的、有富餘容量的編碼都會做的事：讓若干個不同的密碼子都表示同一種胺基酸。這種「多個密碼子對應一種胺基酸」的安排，就是生物學家所說的遺傳密碼的簡併性，或稱冗餘。
這種冗餘並非隨意，而是遵循一個齊整的規律。大部分自由度落在密碼子的第三個鹼基上。例如，GGU、GGC、GGA和GGG這四個密碼子都編碼甘胺酸——前兩個字母GG鎖定了含義，第三個字母幾乎無關緊要。六個不同的密碼子都拼亮胺酸；六個拼絲胺酸；六個拼精胺酸。只有甲硫胺酸（AUG）和色胺酸（UGG）各自僅由一個密碼子拼寫。這種把餘地集中在第三位的現象，與核糖體處的擺動配對密切相關——後者使一個轉運RNA能讀取幾個僅最後一個字母不同的密碼子。
簡併性悄悄起著保護作用。由於第三個字母往往「無所謂」，那裡發生的單鹼基突變常常把密碼子換成一個同義詞——一個讓蛋白質保持不變的沉默突變。而且化學性質相近的胺基酸，其密碼子也往往彼此相像，所以即便是非沉默的突變，也常常只換上一個相似的胺基酸，從而減輕衝擊。因此這套密碼不只是一本字典，更是一個減震器，天生就要限制那些不可避免的抄錄錯誤所造成的損害。請注意一個微妙之處：這裡的「簡併」是數學意義上的「多對一」，並非貶義——這套密碼是穩健，而非有缺陷。
甘胺酸有四個密碼子：GGU、GGC、GGA、GGG。若某基因讀作GGU，第三個鹼基由U突變為C，密碼子變成GGC——仍是甘胺酸。蛋白質完全相同，這個突變是沉默的。
同義密碼子意味著第三個鹼基的改變常常讓胺基酸——以及蛋白質——保持不變。
同義密碼子並非完全可以互換：細胞偏愛某些密碼子甚於其同義詞（密碼子偏好），而這一選擇可微妙地影響蛋白質製造的速度與精度。沉默突變通常無害，但並非總是如此。