結合位點

結合位點是藥物在標靶上扣住的確切位置——鎖中的那個鑰匙孔。它是受體、酶或其他蛋白表面的一個口袋或溝槽，其形狀與化學內襯使某一特定分子恰好嵌入，由氫鍵、疏水接觸等一群弱作用力固定。

藥物與其結合位點之間的契合高度特異：形狀與化學性質匹配得越好，結合就越牢固、越具選擇性。許多蛋白擁有不止一個結合位點。正位（orthosteric）位點是天然配體正常結合的地方，而異位（allosteric）位點則是另外的口袋，分子結合於此可在不佔據主位點的情況下推動蛋白行為的改變。

了解結合位點的精確結構，化學家便能設計出像量身定制的手套般貼合它的藥物，這正是現代基於結構的藥物發現的基礎。一個實用的提醒是：蛋白是柔性的、而非剛性的——結合位點可能在藥物進入時改變形狀（誘導契合），因此單一晶體結構給出的靜態圖像可能具有誤導性。