扩增、测序与核酸分析
RNA测序（RNA-seq）
/ R-N-A seek /
你身体里（几乎）每个细胞的基因组都相同，可一个神经元和一个肝细胞的样子与行为却截然不同。区别在于每个细胞正在主动使用哪些基因——哪些基因正被转录成RNA、转录了多少。RNA-seq正是捕捉这一点的方法：它对样品中的RNA进行测序，逐个基因地读出细胞此刻究竟在做什么。
由于测序仪读的是DNA，RNA-seq先用逆转录酶把细胞的RNA转成DNA拷贝（cDNA），再用下一代测序去测它们。结果是来自所存在RNA分子的数百万条读长。软件把每条读长映射回它来自的基因，并数有多少条读长落在每个基因上；某个基因的读长越多，说明它的RNA越多，这便作为该基因表达强弱的度量。除了计数，RNA-seq还能揭示用了哪些外显子（捕捉可变剪接）、发现无人知晓的RNA、检出融合转录本——远超那些只测一份预先选定基因清单的旧方法。
RNA-seq是给细胞的转录组——它所制造的全部RNA——拍快照、并比较不同状态的标准做法：健康组织与病变组织、处理过与未处理的细胞、一种细胞类型与另一种。诚实的提醒很重要：RNA-seq测的是RNA的丰度，它是蛋白质水平的替代指标、而非直接测量（RNA量与蛋白量并不总是同步），而把读长计数变成可靠的表达差异，极大地依赖于仔细的归一化、重复样本和统计。
用RNA-seq比较肿瘤与正常组织，某个基因在肿瘤中的读长是正常组织的十倍——有力地表明它在那里过度表达。同一份数据还揭示肿瘤使用了另一个基因的不同剪接形式，这是简单的基因计数检测会漏掉的。
每个基因的读长计数估计它的表达强弱。
RNA-seq测的是RNA，而RNA只是蛋白质的替代指标——RNA与蛋白质的水平并不总是同步，所以“这个基因高表达”（mRNA很多）不等于“这种蛋白质很多”。
又称
另见