定量（实时）PCR（quantitative real-time PCR）

普通PCR能告诉你目标是否存在，却不擅长告诉你最初有多少，因为反应后劲不足、会进入平台期。定量PCR解决了这个问题：它在反应进行的同时实时观察拷贝的出现，并用拷贝出现的早晚来推算起始量。它回答的不仅是“它在不在？”，还有“它有多少？”。

qPCR在反应中加入一种荧光报告分子——要么是一种结合双链DNA时发光的染料，要么是一种只有在目标被复制时才点亮的序列特异探针。每个循环结束后，仪器测量荧光强度，而荧光强度与已生成的产物量成正比。起始目标很多的样品只需几个循环就跨过可检测的亮度阈值；起始目标极少的样品则需要多得多的循环才到那里。信号跨过该阈值时的循环数称为阈值循环（Ct），它是关键测量值：Ct越低，说明你起始的目标越多。关键在于，这是在指数期、在平台期还没把数据扭曲之前读取量的。

qPCR是测量基因表达（一个基因产生多少mRNA，需先做逆转录）、病毒载量（样品里有多少病毒）和拷贝数的主力工具。它比终点PCR更定量，但若不跑一条已知量的标准曲线，它给出的是相对量而非绝对量——而且和所有PCR一样，它会扩增污染物，所以一个好得过头的信号可能是警示，而非好消息。