阈值循环（threshold cycle, Ct）

在定量PCR里，仪器每个循环都盯着不断增长的荧光信号。可你怎样把这越来越亮的光变成一个能在样品间比较的单一数字？办法是画一条亮度线——阈值——然后问：信号在第几个循环第一次越过它？这个循环数就是阈值循环，记作Ct（新命名里也叫Cq）。

qPCR早期，信号埋没在背景噪声里；随着目标呈指数倍增，荧光升高，最终明显冒出噪声之上。阈值就是设在噪声略上方的一条固定线。Ct就是曲线越过阈值的那个（往往带小数的）循环数。逻辑很简单：装载了大量目标的样品只需几次翻倍就可被检测，因而越过得早、Ct低；目标很少的样品需要多次翻倍，越过得晚、Ct高。由于增长是指数式的，Ct相差1对应起始量相差约两倍，相差约3.3个循环对应约十倍。

Ct是qPCR结果赖以建立的数字——相对的基因表达比较、病毒载量报告，以及判定临床“阳性”或“阴性”的界值。但读它必须谨慎。Ct取决于检测的扩增效率、阈值设定和仪器，所以未经校准时各实验室的原始Ct值不可直接互换；而接近检测下限的很高Ct并不可靠。Ct测的是被扩增物的量，不是它的身份——要确认你扩增的是不是对的东西，仍需探针或熔解曲线分析。