构效关系
药效团特征点
可以把靶点对药物真正的要求想成一张简短的清单:这里要伸一只手抓住、那里要有一个钩子挂住、还要有一块油腻的区域能贴合上去。药效团特征点就是这张清单上的一项——位于空间某一处的一个抽象特征,分子必须提供它才能良好结合。
严格来说,药效团特征点是位于特定三维位置上的一类已定义的特征,这类特征包括氢键供体、氢键受体、可带正电或负电的可电离中心、芳香环或疏水基团等。若干这样的特征点按特定的距离和角度排布在一起,就构成一个药效团——它是负责活性的抽象相互作用模式,与具体承载它的化学骨架无关。
药效团特征点之所以有用,正是因为它描述的是功能而非原子:两个化学结构差异很大的分子,只要命中同一组特征点,就能具有相似的活性。需要注意的是:药效团本质上是从已知活性物推导出的假说;如果指认了错误的特征点或设定了过多特征点,所建模型就会检索出假阳性,并漏掉真正新颖的化学结构。
一个激酶药效团可能要求向铰链区提供两个氢键特征点,外加在后口袋中提供一个疏水特征点;任何能以正确几何排布呈现这三个特征的分子,都有结合的可能。
每个特征点代表一项必需的相互作用;药效团则是这些特征点在固定三维排布下的完整集合。
药效团特征点是抽象的:它规定的是特征类型和位置,而非具体原子。同一个特征点可以由不同的化学基团来填充,这正是骨架跃迁得以实现的基础。
又称
另见