药效团模型

药效团模型是一张关于分子要具备活性所需条件的三维草图，但剥离了任何具体的化学结构。可以把它看作一张通缉令，实质上是说：有活性的分子必须在这里带正电荷、在那里有一个能堆叠的环、并在此处某一距离上有一个氢键给体，却不指明具体由哪些原子来提供。

每一项要求都是一个药效团特征，例如氢键给体或受体、正电荷或负电荷、芳香环或疏水基团，放置在空间中某一特定点并带有容差。这些特征的集合及其彼此之间的几何距离，便定义了模型。它可以由单一已知的蛋白-配体复合物构建，也可以通过叠合多个活性分子、寻找它们的共同点来构建。

一旦定义好，该模型便成为检索数据库的查询条件：任何分子，只要其柔性构象能把正确的特征放到正确的位置上，就是候选者，即便其骨架完全不同。这使得药效团检索成为骨架跃迁的快捷途径。其局限在于：草率或过于宽松的模型会检出大量假阳性，而过于严苛的模型则会漏掉真正的命中物，因此构建并验证模型才是难点所在。