分子识别与结合作用力

氢键

氢键就像一次微型的磁性握手。一个分子伸出一个氢原子,这个氢挨着一个缺电子、贪图电子的原子(如氮、氧或氟);另一个分子则献出一对孤对电子来接纳它。两者扣合成一种有方向性的握持,它远比真正的化学键弱,却足以把药物稳稳地固定在靶点内部。

更准确地说,氢键形成于一个供体(X–H 基团,其中 X 电负性高,使氢带部分正电荷)和一个受体(带孤对电子、显部分负电荷的原子)之间。它主要是静电相互作用,兼有方向性和部分共价的特征,当供体、氢和受体大致排成一条直线时最强。典型强度约为 1 到 7 千卡每摩尔。

在药物设计中,氢键同时赋予结合强度和专一性:一个位置恰当的供体或受体能显著提升活性和选择性。但有个前提——为了结合靶点,药物和口袋必须各自舍弃它们原先与水形成的氢键。只有当新接触优于被它取代的水接触时,氢键才划算,这也是为什么单纯多加极性基团并不能稳定地提高亲和力。

在许多激酶抑制剂中,与 ATP 口袋保守的“铰链”区形成的两到三个氢键锚定住药物,并在很大程度上决定其活性。

激酶抑制剂中的铰链结合氢键。

统计潜在氢键供体和受体的数目是利平斯基类成药性规则的一部分,因为它们过多会损害膜的通透性。

又称
H-bond氢键作用氫鍵作用