重组DNA与分子克隆
Northern印迹(Northern blot)
/ NOR-thern blot /
假设你想知道的不只是某个基因是否存在于基因组里,而是一个细胞此刻是否真的在使用它——以及用了多少。基因活动的“货币”是信使RNA:活跃的基因制造大量它的mRNA,沉默的基因则几乎不造。Northern印迹测的正是这个——样品中某一特定RNA的数量和大小。
它就是把Southern印迹的方法用到RNA而非DNA上。你从细胞中提取RNA,在凝胶上按大小分离,印迹到膜上,再用一段标记过、与你关心的RNA互补的单链核酸探针去探测。探针只与匹配的转录本杂交,点亮一条带。条带的位置告诉你转录本的大小(这对发现可变剪接很有用,那时一个基因会产出不同长度的RNA),条带的亮度则大致告诉你细胞含有多少该RNA——这是基因被表达强度的一份直接读数。
多年来Northern印迹是研究基因表达的标准方法:把健康组织与病变组织、或处理前后的细胞相比较,看哪些基因上调或下调。它还能在一张图里同时揭示转录本大小和剪接变体。如今RNA-seq和定量PCR更快、更灵敏,已大体取代了Northern印迹,但这项技术仍是“基因表达可通过定量RNA来测定”这一思想的清晰、直观的范例。(这个名字是拿Southern开的双关,不是方位。)
就一个肌肉特异基因,比较肌肉样品和肝脏样品。把它们的RNA在凝胶上跑开、印迹、探测。肌肉泳道显出明亮的条带;肝脏泳道几乎没有——这直观地证明该基因在肌肉中被转录,而在肝脏中基本关闭。
条带亮度反映细胞制造了多少该RNA。
Northern印迹测的是mRNA的数量,它是基因表达的一个代理指标——但mRNA水平并不总与蛋白水平一致,因为翻译和蛋白稳定性也受调控。
又称
另见