起始密码子（start codon）

信使RNA是一长条字母组成的带子，但蛋白质从某个确切的位置开始，而不是从中间随便某处。细胞如何知道第一个词从哪里起头？它会寻找一个特殊信号——起始密码子——它标记着“从这里开始读取蛋白质”。

起始密码子几乎总是AUG，即腺嘌呤-尿嘧啶-鸟嘌呤这三个碱基。AUG同时在两方面与众不同。其一，它确定阅读框：一旦决定从这个A开始一个密码子，后续每一个三联体的落点也就随之自动固定。其二，AUG还编码氨基酸甲硫氨酸，因此每条新造出的蛋白质链开头都带着一个甲硫氨酸（细菌中是略加修饰的版本，甲酰甲硫氨酸）。不过核糖体并不会随手抓住它看到的第一个AUG——它需要帮助才能找到正确的那个，在细菌中由邻近的Shine-Dalgarno序列引导，在真核生物中则从加帽的5'端一路扫描，直到遇上合适的AUG。

由于起始密码子既说“出发”，又安插第一个氨基酸，它把抽象的密码与实体的机器系在了一起。开头那个甲硫氨酸日后常被剪掉，所以不要指望每个成熟蛋白质都真的以Met开头。又因为选定从哪个AUG起始就固定了整段下游信息的阅读框，一个破坏起始密码子、或在上游制造出一个诱人新AUG的突变，都可能让基因沉默或造出毫无用处的蛋白质。