Shine-Dalgarno序列（SD序列）

细菌的核糖体没法只是从mRNA的端头一路扫描去找起始密码子——细菌mRNA往往没有一个方便起步的端头，而且一条mRNA上可以坐着好几个基因。那么核糖体怎样找到每个基因的AUG？它会寻找上游几个碱基处一处短小的地标，即Shine-Dalgarno序列，它就像一块写着“起始密码子就在前方”的路牌。

Shine-Dalgarno序列是一小段富含嘌呤的片段，经典形式类似AGGAGG，位于起始密码子前大约五到十个碱基处。它的诀窍是直接的碱基配对：核糖体小亚基RNA（16S核糖体RNA）的末端带有一段互补序列，二者拉合在一起。这一配对把小亚基停在恰好正确的距离上，使起始AUG落入P位，一步便锁定了阅读框。它见于细菌和古菌，也部分解释了为何细菌的翻译能从一条长mRNA的中间开始，而不限于其端头。

这是细菌与真核翻译之间最清晰的差异之一，且后果实实在在。由于一条细菌mRNA上可以排着好几个“Shine-Dalgarno加AUG”单元，一条细菌mRNA就能编码好几个蛋白质（多顺反子信息）——这通常是真核生物的扫描机制做不到的。对基因工程师而言，提供一段强的Shine-Dalgarno序列，是让细菌大量产出目标蛋白质的标准手法。真核生物没有Shine-Dalgarno序列；它们靠完全不同的“加帽并扫描”路径来找到起始密码子。