荧光原位杂交（fluorescence in-situ hybridization）

多数DNA方法先把细胞磨碎、提取其DNA，这能告诉你有哪些序列，却丢掉了它们原本在细胞里的位置。有时位置才是关键——某个基因坐落在哪条染色体上、一条染色体的一段是否断下来粘到了另一条上。FISH回答“在哪里”的方式，是在显微镜下、在完整细胞内部直接点亮某一特定的DNA或RNA序列。“原位（in situ）”是拉丁语，意为“在它原本的位置”。

你制作一个探针：一小段序列与你关心的目标匹配的DNA，并标上荧光染料。细胞（常铺在玻片上，染色体摊开）被温和处理，使其DNA链分开，然后把标记好的探针淌过它们。无论该匹配序列在细胞里实际坐落何处，探针都会与之碱基配对——即杂交。在荧光显微镜下，目标便恰好在其所在位置显现为一个发光的点。换用几种不同颜色的探针，你就能一次标记多个目标，每个目标一种颜色。

FISH让你能够字面意义上地看见染色体上的一个基因。临床上它用于数染色体（检出唐氏综合征中多出的21号染色体）、发现缺失或重复，以及找出驱动某些癌症的基因融合与扩增（例如检测乳腺癌的HER2状态）。它的长处和局限是同一件事：FISH以漂亮的空间分辨率告诉你某一特定、预先选定序列的存在与位置，但它永远只寻找你为之设计了探针的那些目标——它是一束聚光灯，而非一次普查。