DNA微阵列（DNA microarray）

假设你想一次问上千个问题：基因1在不在、活不活跃？基因2呢？基因3呢？……一直问到两万个。DNA微阵列就是一种在一张玻璃片上同时问出所有这些问题的办法：把成千上万个已知的DNA探针整齐排成方格，看样品会粘到哪些上面。

这块芯片是一格格小点构成的方阵；每个点上密集排布着某一已知单链DNA探针的许多拷贝，而每个点代表哪个基因，由它的位置固定下来。你把样品——比如一个细胞里的全部RNA，转成带荧光标记的cDNA——淌过芯片。凡是样品分子遇到序列匹配的点，就会碱基配对并粘上去（这就是杂交）。洗去未结合的物质后，扫描芯片：每个点的亮度报告样品里有多少匹配序列。读完整个方阵，你就一次性得到了跨越上千个基因的读数。

微阵列是第一种能一次测量整个基因组那么多基因活性的技术，曾掀起一波表达谱分析、基因分型，以及健康与病变组织比较的浪潮。它的关键局限——也是RNA-seq基本将其取代的原因——在于阵列只能检测它的探针所设计针对的东西：你无法发现意料之外的东西，而且亮度与含量之间的关系并不完全定量。它们像是一份只有固定题目的“封闭式问卷”，而测序则是一场开放式的访谈。