閾值循環（threshold cycle, Ct）

在定量PCR裡，儀器每個循環都盯著不斷增長的螢光信號。可你怎樣把這越來越亮的光變成一個能在樣品間比較的單一數字？辦法是畫一條亮度線——閾值——然後問：信號在第幾個循環第一次越過它？這個循環數就是閾值循環，記作Ct（新命名裡也叫Cq）。

qPCR早期，信號埋沒在背景噪聲裡；隨著目標呈指數倍增，螢光升高，最終明顯冒出噪聲之上。閾值就是設在噪聲略上方的一條固定線。Ct就是曲線越過閾值的那個（往往帶小數的）循環數。邏輯很簡單：裝載了大量目標的樣品只需幾次翻倍就可被檢測，因而越過得早、Ct低；目標很少的樣品需要多次翻倍，越過得晚、Ct高。由於增長是指數式的，Ct相差1對應起始量相差約兩倍，相差約3.3個循環對應約十倍。

Ct是qPCR結果賴以建立的數字——相對的基因表達比較、病毒載量報告，以及判定臨床「陽性」或「陰性」的界值。但讀它必須謹慎。Ct取決於檢測的擴增效率、閾值設定和儀器，所以未經校準時各實驗室的原始Ct值不可直接互換；而接近檢測下限的很高Ct並不可靠。Ct測的是被擴增物的量，不是它的身份——要確認你擴增的是不是對的東西，仍需探針或熔解曲線分析。