擴增、定序與核酸分析
變性-退火-延伸循環（denaturation-annealing-extension cycling）
PCR是怎樣把一份拷貝變成十億份的？不是靠一步登天，而是靠把一段短短的三溫度之舞反覆跳上許多遍。每跳一遍，目標大致翻倍，而一台叫熱循環儀的機器只是按定時器改變管子的溫度來驅動它。這支舞就是：變性，然後退火，然後延伸。
變性：加熱到約95攝氏度。維繫雙螺旋的氫鍵斷裂，兩條鏈分開，得到單鏈模板。退火：冷卻到大約50到65攝氏度。在這個較低的溫度下，短引物找到模板上各自匹配的序列並與之鹼基配對。延伸：升溫到約72攝氏度，這是Taq聚合酶最喜歡的溫度。Taq從每條引物的3'端起步，合成一條新的互補鏈，複製模板。然後循環重複。關鍵在於：一個循環裡新合成的鏈會成為下一個循環的模板，於是目標分子數呈幾何級數增長：1、2、4、8、16……即指數增長。
這個溫度循環就是PCR的引擎，而調好它很重要。退火溫度太低，引物會鬆散地貼到近似匹配處，產生非特異產物；太高則根本不結合。實際上指數增長不會永遠持續——隨著試劑耗盡、產物堆積，反應會進入平台期，這也是為什麼單純數最終產物的量來推測起始量是個很差的辦法（這正是定量PCR被發明出來要解決的問題）。
一個典型程序：95C 30秒（變性），58C 30秒（退火），72C 60秒（延伸），重複35次。從單個分子起步，理論上35次翻倍可得超過300億份拷貝——儘管反應會在達到這個理想值之前進入平台期。
三個溫度、重複30到40次，驅動指數級複製。
翻倍只是「大致」兩倍，而且只在試劑充足時如此；一旦引物、核苷酸或酶活性不足，增長就放緩並停止，所以最終的量並不與你的起始量成正比。
又稱
另見