定量（即時）PCR（quantitative real-time PCR）

普通PCR能告訴你目標是否存在，卻不擅長告訴你最初有多少，因為反應後勁不足、會進入平台期。定量PCR解決了這個問題：它在反應進行的同時即時觀察拷貝的出現，並用拷貝出現的早晚來推算起始量。它回答的不僅是「它在不在？」，還有「它有多少？」。

qPCR在反應中加入一種螢光報告分子——要麼是一種結合雙鏈DNA時發光的染料，要麼是一種只有在目標被複製時才點亮的序列特異探針。每個循環結束後，儀器測量螢光強度，而螢光強度與已生成的產物量成正比。起始目標很多的樣品只需幾個循環就跨過可檢測的亮度閾值；起始目標極少的樣品則需要多得多的循環才到那裡。信號跨過該閾值時的循環數稱為閾值循環（Ct），它是關鍵測量值：Ct越低，說明你起始的目標越多。關鍵在於，這是在指數期、在平台期還沒把數據扭曲之前讀取量的。

qPCR是測量基因表達（一個基因產生多少mRNA，需先做反轉錄）、病毒載量（樣品裡有多少病毒）和拷貝數的主力工具。它比終點PCR更定量，但若不跑一條已知量的標準曲線，它給出的是相對量而非絕對量——而且和所有PCR一樣，它會擴增污染物，所以一個好得過頭的信號可能是警示，而非好消息。