數字PCR（digital PCR）

假設你想精確數清一份樣品裡到底有多少個目標分子——不是「大約是另一管的兩倍」，而是一個真實的數目。定量PCR在這件事上很吃力，因為它是對照曲線讀亮度的。數字PCR走了一條更聰明的路：它不去測一個整體反應，而是把樣品分成成千上萬個彼此獨立的微小反應，然後單純地數有多少個亮了起來。

樣品被分隔開來，常常是分成油中成千上萬乃至上百萬個微小水滴，或晶片上的許多微孔，使每個分隔單元平均只含零個或一個目標分子。然後PCR在所有分隔單元裡同時進行。含有目標分子的單元擴增後發出陽性的光；空的單元保持黑暗。你數陽性單元的數目。由於分子基本是隨機分布的，借助一點統計學（泊松分布，用以校正少數恰好分到兩個分子的單元），就能把發光單元的比例換算成起始分子的絕對數目——無需標準曲線。

數字PCR在qPCR薄弱的地方大放異彩：它給出絕對計數，對微小差異更精確，也更耐受抑制物，因為每個分隔單元都是各自乾淨的反應。這種精確性在從數千個正常DNA分子中找出一個稀有突變分子時很重要——例如血樣裡少數幾個腫瘤DNA片段（液體活檢）——或用於測量精確的拷貝數。代價是成本更高、需要專門儀器，所以數字PCR留給那些真正需要其準確度的任務，而非用作qPCR的日常替代品。