合成生物學與最小基因組(synthetic biology and minimal genomes)
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長久以來,生物學家研究細胞的方式像博物學家研究鳥類——觀察已經存在的東西。合成生物學把這一點反轉過來:它把活細胞當作可以像電子或軟體那樣去工程化的東西。其指導思想是讓生物變得可設計——構建新的基因線路、重新設計細胞去做有用的工作,甚至從零寫出整個基因組。
實踐上它借用了工程學的習慣。DNA序列成了標準化、可複用的部件——啟動子、基因、開關——你可以像在電路板上拼接元件那樣把它們拼起來,構建一條基因線路,比如一組基因構成的環路,讓細胞只在感知到毒素時才發光。由於我們現在既能廉價地讀DNA、也能廉價地化學合成DNA,研究者可以在電腦上設計一段基因程式,合成它,再裝進細胞。最激進的實驗重建基因組本身:一項著名的工作把一個極小的細菌的基因一個個去掉,以找出最小基因組——細胞要維持存活所能擁有的最小基因集(幾百個基因)——然後化學合成出那個基因組,啟動了一個靠它運行的細胞。這探問的是一個深刻的問題:生命不可再簡化的內核是什麼?
合成生物學已經造出真實的東西——能釀造抗瘧藥或生物燃料的工程酵母、被設計來感知疾病的細菌、被重新編程為活工廠的細胞。它的重要性在於把分子生物學從一門描述生命的科學,變成一門建造生命的技術。但這裡要放兩點誠實的告誡。細胞並不像電路板那樣模組化;一個孤立時能用的部件,一旦置身於活細胞那雜亂、不斷演化的環境中,往往表現得難以預料,所以工程化生物比工程化矽難得多。而設計生物體的同一種能力是「雙重用途」的——落入壞人之手可能被用來作惡——這正是生物安全與生物安保與這個領域密不可分的原因。
由文特爾研究所牽頭的研究者造出了一種細菌JCVI-syn3.0,帶有一個完全合成的、約473個基因的最小基因組——這是迄今造出的最精簡的能自我複製的細胞。引人注目的是,其中大約三分之一必需基因的功能當時還不清楚,這令人謙卑地提醒我們:即便是最簡生命,我們仍有多少不懂。
已知最小的能自我複製的基因組——而我們仍解釋不了它的三分之一。
電路板的類比終究只是類比:生物部件遠不如電子元件那樣模組化、可預測,而這個領域的力量使它具有雙重用途,所以生物安全從一開始就被納入考量。