黏性末端與平末端（sticky and blunt ends）

剪一條拉鏈時，你可以在同一處把兩排齒一齊剪斷，也可以把一排剪得比另一排靠前一點。第一種留下齊平的邊；第二種在一側留下一小段齒，可以去鉤住另一條拉鏈上匹配的一段。限制酶也以這兩種方式切割DNA，分別得到平末端和黏性末端。

DNA有兩條鏈。如果酶在完全相同的位置切斷兩條鏈，結果就是平末端：一個沒有突出的平整雙鏈邊緣。如果酶把兩條鏈錯開幾個鹼基切割（交錯切割），每個片段就以一小段單鏈突出收尾——這就是黏性末端（也叫黏端）。由於酶在各處都做同樣的交錯切割，它產生的每個黏性末端都有相同的突出序列。這些突出端是互補的，因此會透過鹼基配對自發地配上：一個片段的 5'-AATT 突出端會找到並與同一種酶切出的任何其他片段上的 AATT 突出端雜交。這短暫的鹼基配對把片段拉在一起，足以讓一種酶來把它們封住。

黏性末端對選殖是一份厚禮，因為它讓連接既高效又有方向性：用同一種酶切割的兩個DNA會在它們互補的突出端處咬合。平末端更通用——任何平末端都能與任何其他平末端連接，與序列無關——但連接效率較低，也無法控制方向。一個常用技巧是用兩種不同的酶切割質粒，使其兩端是不同的黏性末端，從而迫使插入片段只能以一種朝向落入（定向選殖）。