南方墨點法（Southern blot）

一塊凝膠上可能拖著成千上萬條DNA片段的拖影，而你想知道某一特定序列——比如某個特定基因——是否存在、攜帶它的片段又有多大。光靠凝膠無法告訴你；每條片段看起來都一樣。南方墨點法是一種巧妙的辦法，去問「我的序列在這塊凝膠的哪裡？」並得到一個清晰的答案。

這個方法有四步。第一，在凝膠上按大小分離DNA片段。第二，把它們從鬆軟的凝膠轉移（印漬）到一張結實的膜上，並保留各自的位置——毛細作用把緩衝液從凝膠裡向上吸，把DNA帶到膜上，就像墨水滲到吸墨紙上。第三，把膜浸在標記過的探針裡：一段與你要尋找的序列互補的單鏈DNA。探針只與含有匹配序列的片段雜交——即鹼基配對。第四，檢測探針（靠放射性，或一種顏色或光信號），它會精確點亮攜帶你序列的那條帶。於是印漬把大海撈針中看不見的針，變成一條在已知大小處可見的單一條帶。

南方墨點法由埃德溫·薩瑟恩於1975年發明，是一座里程碑——它是在複雜基因組中檢測特定DNA序列的第一種方法。幾十年來它一直是確認某基因是否存在、計數其拷貝、檢測突變或重排、以及法醫DNA指紋鑑定的標準。PCR和定序在日常工作中已大體取代了它，但它的核心思想——分離、印漬、用探針雜交、檢測——是其同名親屬的模板：北方墨點法（用於RNA）和西方墨點法（用於蛋白）。