凝膠電泳（gel electrophoresis）

想像一群體型各異的賽跑者擠過一片密林衝向終點。小巧靈活的很快鑽過去；高大笨重的被勾住、落在後面。讓他們都跑同樣的時間，就會按體型散開。凝膠電泳對分子做的正是這件事，用電力來推、用果凍般的凝膠當密林。

DNA和RNA沿骨架帶有均勻的負電荷，所以在電場中它們都朝正極移動。你把樣品加進凝膠板一端的孔裡——DNA用瓊脂糖，小片段或蛋白用更細密的聚丙烯醯胺——然後接通電流。凝膠是一張微觀的網，短片段很快穿網、走得遠，長片段被攔住、留在起點附近。跑完之後，每個長度相同的片段都遷移了相同的距離，形成一條清晰的條帶。給DNA染色（用一種在紫外光下發光的染料）便顯出一道條帶階梯，與已知的大小標準比對，就能得知每個片段的長度。蛋白沒有均勻的電荷，要先用去垢劑SDS包裹，使其帶上均勻的負電荷，於是它們也純按大小分離（SDS-PAGE）。

凝膠電泳是分子生物學實驗室裡日常的主力——它是你真正「看見」DNA的方式：檢驗限制酶酶切是否如計畫那樣切開、確認PCR是否成功、把某條帶從凝膠裡切下來純化片段，或估測一個基因或蛋白的大小。它也是各種印漬方法底下的分離步驟：Southern、Northern和Western印漬都從把分子在凝膠上跑開開始。